Junya Mizumoto, een universiteitsstudent, rouwt om het verlies van zijn broer door een tragisch ongeval slechts een jaar eerder, wanneer hij een mysterieus meisje tegenkomt dat hem vertelt dat hij degene had moeten zijn die had moeten sterven voordat hij verdween.

Junya moet het gewicht van die angstaanjagende woorden naast de herinneringen aan zijn broer dragen en merkt dat hij samen met zijn jeugdvriend Chihaya Hojo een onverwacht project op zich neemt. Het Hojo-landhuis, een traditioneel Japans huis, moet worden gerenoveerd en het is Junya's eerste grote klus die hij op zich neemt. Maar het is een taak die hij niet alleen kan uitvoeren.

De gevierde Memories Off-serie keert terug. In een moderne setting, tien jaar na de originele serie, volgt een aangrijpend verhaal over verdriet, vriendschap en mysterie.